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16S rDNA分子生态测序服务概述

更新时间:2014-07-03 16:36:35点击次数:5035次字号:T|T

Ion Torrent 16S rDNA分子生态测序


微生物分子生态学研究(Microbial Phylogeny Study)研究利器


随着生物技术的飞速发展,传统的微生物鉴定方法常常难以鉴定众多的生长习性复杂的微生物,因而基于基因组序列的分子鉴定受到广泛关注。在细菌基因组中,编码 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的进化保守性,适宜分析的长度(约为1540bp),以及与进化距离相匹配的良好变异性,所以成为细菌分子鉴定的标准标识序列。16S rDNA的序列包含9或10个可变区(variable region)和11个恒定区(constant region)。保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。16S rDNA分子的序列特征为不同分类级别的近缘种系统分类奠定了分子生物学基础。目前16SrDNA的序列信息已经广泛应用于菌种鉴定和系统发生学研究。

我们利用Ion Torrent平台为您提供Ion Torrent 16s rDNA分子生态测序,帮助您更高效、快速地进行微生物分子生态研究。

图为 16s rDNA 序列碱基变异情况


研究内容:

16s rDNA的不同可变区测序
各种环境的菌群结构分析


技术路线:



数据分析流程:



数据结果:

数据质量评估报告;
提取有效序列及统计;
生成OTU,及OTU分布统计;
丰富度稀疏曲线、香农指数曲线及Rank-abundance曲线;
OTU物种鉴定及群落组成分析;
样品相似性分析;
样品间OTU分布比较(韦恩图、聚类图);
主成分分析(PCA)(样品数 ≥ 3)。


南方基因 Ion Torrent 服务介绍:

Ion Torrent平台采用了半导体技术和简单的化学试剂进行DNA测序,而不是使用光作为媒介。在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次掺入ATCG。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到,通过对H+的检测,实时判读碱基。


Ion Torrent技术优势:

更准确:系统无激光光源,无化学系统,无照相系统;使用无标记的核苷酸及酶进行测序,本底干扰低。通过对H+的检测,明显改善碱基判读准确性。

更快速:最短测序时间仅为2-3小时,24小时之内可完成6-8轮实验;达Sanger测序方法每天测序通量的数千倍以上;弥补了已有高通量测序方法“无快速测序模式”的缺陷。

更灵活:可满足不同通量的测序需求。


技术原理:

1、脱氧核苷酸分子流过芯片微孔;
2、如果脱氧核苷酸与微孔中的DNA分子互补,则该核苷酸被合成到DNA分子中,并且释放氢离子,该孔溶液的PH发生变化;
3、感应层检测到PH变化;
4、感应层将PH变化的化学信息转变为电压变化信息;
5、电压变化信息转变为数字电子信息。如果DNA链含有两个相同的碱基,则记录电压信号是双倍的。如果碱基不匹配,则无氢离子释放,也就没有电压信号的变化。



(编辑:sgfmt)

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