原理简介：

先将基片支持物(wafer)羟基化，并用对光敏感的保护基团将羟基基团保护起来。然后选取特制的光刻掩膜(photolithographic mask)覆盖在基片上，遮挡不需要合成的部位，暴露需合成部位。当光通过蔽光膜照射到基片上，需要合成探针的部位透光，受光照射部位的羟基脱保护而活化。加入3’端活化(5’羟基末端连接光敏保护基团)的单一一种核苷酸单体底物后，发生偶联反应。在一轮反应之后更换另一张光掩膜控制活化区域，并换另一种核苷酸单体实现在待定位点合成预定序列寡聚体。光掩膜设计和严格的工艺流程使制造的芯片具有高质量、高重复性和一致性，也确保了芯片上探针合成的极高密度。

应用：

基因表达方面（目前可以提供生命科学研究和医学研究的二十多种生物物种的全基因组表达谱芯片，以及十几种模式植物、农作物以及微生物全基因组表达谱芯片）
发现新的信号通路
疾病分型
验证药物作用位点
证明作用机制
分析毒性反应等多个领域
分析同一个基因不同转录产物
分析基因组DNA上所有可以被转录的部分
发现新转录本
扫描基因组甲基化修饰位点
染色质修饰位点
DNA研究方面
全基因组扫描、肿瘤基因组学、致病基因分型和药代动力学相关基因分型（SNP分型芯片）
特定区域的基因序列分析（高密度的重测序芯片）