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CGH芯片服务

更新时间:2014-06-30 15:47:21点击次数:4852次字号:T|T

作为疾病的一项生物标志,染色体水平的缺失、扩增等变化已成为科学家研究的热点。以往科学家运用传统的染色体核型分析方法(如染色体区带染色分析,FISH等)已获得许多染色体结构变异的可贵进展。但传统的方法实验操作繁琐,分辨率低,不能覆盖全基因组,难以提供染色体变异位点的精确定位。基于基因芯片的比较基因组杂交技术, aCGH(array-based Comparative Genomic Hybridization)平台的出现解决了上述问题。这种平台能够支持研究人员通过微阵列准确研究与疾病有关的染色体的变化,目前aCGH已经广泛应用于研究肿瘤发生过程中伴随的基因变化,如染色体的畸变等; 通过研究基因拷贝数目的变化,寻找新的原癌基因或抑癌基因; 揭示生物体抗药性的机制及代谢过程中可能发生的基因组变化; 发现新的生物标记,可用于临床诊断、疾病的分型等研究领域中,大大加速了人类对基因组DNA结构变异在遗传疾病中意义的理解。


南方基因芯片服务平台


CGH芯片服务

服务名称

芯片介绍

CGH

芯片服务

Agilent SurePrint G3 Human CGH Microarray 1×1M服务

芯片格式为1×1M。包含963,029个探针,其中重复探针(5)1,000个,内部质控探针为6,685个。探针设计参照数据库为UCSC hg18(NCBI Build 36, March 2006)。探针间距为2.1KB

(该服务其他格式推荐:2×400K4×180K8×60k

Agilent Human CGH Microarrays Human Genome CGH Microarray 4x44K服务

芯片格式为4x44K,包含42,494个探针,其中重复探针(5)301,内部质控探针为2,118个。探针设计参照数据库为UCSC hg18 (NCBI Build 36, March 2006)。探针间距为43 KB。(该服务其他格式推荐:1 x 244K2 x 105K

Agilent Unrestricted HD-CGH Microarray ISCA v2, 2x105K服务

芯片格式为2 x 105K,包含19,647 个探针在 ISCA 区域 以及 80,757 backbone 探针,内部质控探针为4,626个。探针设计参照数据库为UCSC hg19 (NCBI Build 37, February 2009)。探针间距为35KB。(该服务其他格式推荐:4 x 44K4 x 180K

Agilent SurePrint G3 Unrestricted CGH ISCA v2, 8x60K服务

芯片格式为8x60K,包含18,851 个探针在 ISCA 区域以及40,208 backbone 探针,内部质控探针为3,886个。探针设计参照数据库为UCSC hg19 (NCBI Build 37, February 2009)。探针间距为60KB

小鼠CGH芯片服务

Agilent SurePrint G3 Mouse Genome CGH Microarray 1×1M服务

芯片格式为1×1M。包含963,261个探针,其中重复探针(5)1,000个,内部质控探针为6,745个。探针设计参照数据库为UCSC mm9(NCBI Build 37), July 2007。探针间距为1.8KB。(该服务其他格式推荐:4 x 180K

Agilent Mouse Genome CGH Microarray Kit, 1x244K服务

芯片格式为1 x 244K。包含235,402个探针,其中重复探针(5)1,400个,内部质控探针为5,099个。探针设计参照数据库为UCSC mm8 (NCBI Build 36), February 2006。探针间距为7.8 KB。(该服务其他格式推荐:2 x 105K

大鼠CGH芯片服务

Agilent SurePrint G3 Rat Genome CGH Microarray 1×1M服务

芯片格式为1×1M。包含962,967个探针,其中重复探针(5)1,000个,内部质控探针为7,038个。探针设计参照数据库为UCSC rn4(Baylor HGSC Build 3.4), November 2004。探针间距为1.7KB。(该服务其他格式推荐:4 x 180K

Agilent Rat Genome CGH Microarray Kit, 1x244K服务

芯片格式为1 x 244K。包含235,974个探针,其中重复探针(5倍)为1,000个,内部质控探针为5,492个。探针设计参照数据库为UCSC rn4 (Baylor HGSC Build 3.4), November 2004。探针间距为4.9KB。(该服务其他格式推荐:2 x 105K


CGH + SNP芯片服务

Agilent推出的CGH+SNP芯片服务在原有的Agilent CGH芯片的基础上,增加了能检测SNP的探针,从而在一张芯片上能同时检测CNV(拷贝数差异)和Copy-neutral LOH/UPD(拷贝数平衡的杂合性缺失,单亲源二体)。

服务名称

芯片介绍

SurePrint G3 Human Genome CGH+SNP Microarray 2x400K

芯片格式为2x400K,包含292,097CGH探针,119,091SNP探针,其中重复探针(5)600个,内部质控探针为6,700,探针设计参照数据库为UCSC hg19(NCBI Build 37, February 2009)。探针间距为7.2kb

SurePrint G3 ISCA CGH+SNP Microarray Kit, 4x180K

芯片格式为4x180K,包含110,712CGH探针,59,647SNP探针,其中重复探针(5)600个,内部质控探针为8,121,探针设计参照数据库为UCSC hg19(NCBI Build 37, February 2009)。探针间距为25.3kb

SurePrint G3 Cancer CGH+SNP Microarray Kit, 4x180K

芯片格式为4x180K,包含110,712CGH探针,59,647SNP探针,其中重复探针(5)600个,内部质控探针为8,121,探针设计参照数据库为UCSC hg19(NCBI Build 37, February 2009)。探针间距为25KB

应用领域

1. 研究肿瘤发生过程中伴随的基因变化,如染色体的畸变等;
2. 通过研究基因拷贝数目的变化,寻找新的原癌基因或抑癌基因;
3. 揭示生物体抗药性的机制及代谢过程中可能发生的基因组变化;
4. 发现新的生物标记,可用于临床诊断、疾病的分型等。

相关链接:Agilent CGH芯片服务案例


Agilent其它物种CGH芯片服务
1. Agilent Chicken Genome CGH Microarray 1×244K服务
2. Agiient SurePrint G3 Canine Genome CGH Microarray 4×180服务
3. Agilent SurePrint G3 Chimpanzee Genome CGH Microarray 4×180K服务
4. Agilent SurePrint G3 Rice Genome CGH Microarray 4×180K服务
5. Agilent SurePrint G3 Rhesus Macaque Genome CGH Microarray 4×180K服务

产品链接:http://www.genomics.agilent.com/article.jsp?pageId=1544&_requestid=575263

FFPE样品检测

芯片推荐:Affymetrix OncoScan? FFPE Assay Kit NEW!
芯片介绍:
Affymetrix推出全新的OncoScan? FFPE芯片,一种适用于高度降解的FFPE实体瘤样本的全基因组拷贝数分析方案。全新的OncoScan FFPE芯片利用Affymetrix独特的分子倒置探针(MIP)技术,能够快速经济地分析来自FFPE样本的少量的高度降解的DNA,让实体瘤癌症分析向前迈进了一大步。该产品在一次实验中即可提供全基因组范围的拷贝数数据,且在全基因组内大约900个已知的癌基因、杂合性缺失(LOH)上的分辨率极高,同时可以提供临床相关的获得性突变的数据。在分析软件方面,研发人员升级了早一代的BioDiscovery Nexus软件,增加了许多转为癌症分析设计的功能,命名为OncoScan? Nexus Express软件,它实现了几分钟内数百个样本的拷贝数分析能力,也将随产品免费提供。 详细服务信息<<


服务相关

样品要求
1) 来源于新鲜组织,细胞或EDTA抗凝血或FFPE(只适用于ULS法);
2) DNA浓度> 75ng/μl,溶解在水或TE中;
3) A260/A280 在1.7和2.0之间;
4) A260/A230 > 1.5;
5) 必须去除RNA。

服务流程
步骤1:DNA抽提、样品质检
步骤2:样品酶切
步骤3:用荧光染料分别标记实验组和对照组基因组DNA;
步骤4:标记后样品纯化、定量;
步骤5:样品混合后与CGH芯片杂交;
步骤6:芯片扫描,数据读取和分析;
步骤7:提供服务报告。

生物信息分析结果展示


1. 探针改变百分比

基于探针信号的log比值,显示探针改变的百分比情况

2. 变异区段作图

染色体分开的变异区段作图

染色体连在一起的变异区的作图


参考文献
1. Screening for Copy-Number Alterations and Loss of Heterozygosity in Chronic Lymphocytic Leukemia – A Comparative Study of Four Differently Designed, High Resolution Microarray Platforms. Genes Chromosomes & Cancer. (2008 47:697-711).
2. A Comparison of DNA Copy Number Profiling Platforms. Cancer Res. 67:10173-80 (2007).
3. The pitfalls of platform comparison: DNA copy number array technologies assessed. BMC Genomics (2009, 10:588. )



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