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miRNA测序概述及实验分析流程

更新时间:2014-07-07 12:44:17点击次数:4078次字号:T|T

一、 miRNA测序概述

microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70—90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现microRNA也能在转录水平调控基因表达)。microRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的microRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。microRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究microRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的microRNA测序,可以一次获得数百万条microRNA序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的micoRNA及其表达差异,为研究microRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。


二、 miRNA测序技术特点

1. 高灵敏度:理论上可以检测单个细胞中一个拷贝的microRNA;
2. 高精度:可以检测microRNA单个碱基的差异;
3. 不受先验信息的干扰,既能鉴定已知microRNA,又有能力发现新的microRNA;
4. 保留定向信息,用于链特异的表达分析;
5. 利用Barcode在单次运行中经济地分析多个样品。


三、 miRNA测序实验技术路线

图 miRNA-Seq实验流程


四、 miRNA测序数据分析技术路线




(编辑:sgfmt)

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