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lncRNA测序服务

更新时间:2014-07-08 13:07:07点击次数:3013次字号:T|T

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记,染色质修饰,转录激活等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。

lncRNA的高通量研究方法,主要是微阵列和新一代高通量测序。它们在大规模发现lncRNA和探索lncRNA的功能中得到了广泛的应用。

南方基因向广大用户提供lncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合生物信息学分析,一次性获得样本中lncRNAs信息,为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。


技术路线:

 


样品要求(RNA)

1) 样品纯度:OD 260/280值应在1.9~2.2 之间,RNA 28S:18S≥1.5推荐 RIN≥7;DNA 应该去除干净。
2) 样品浓度:最低浓度不低于50ng/μl。
3) 样品总量:每个样品总量不少于6μg。
4) 样品溶剂:要溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
5) 样品运输: RNA用冻存管保存,并用干冰或液氮运输。


lncRNA测序数据分析

1. 数据分析流程


2. 标准信息分析

1) 原始数据预处理:去除接头污染、低质量序列得到clean data,去除核糖体RNA数据,数据产出统计及测序数据质量评估;
2) 基因组mapping,转录本组装;
3) 鉴定已知lncRNA(采用NONCODERv3、lncrnadb、Ensembl、NCBI、UCSC等多个lncRNA数据库的集合或者自定义数据库);
4) 预测新的lncRNA(PhyloCSF预测算法与CPC预测算法);
5) lncRNA定量及差异分析(差异分析需2个或2个样品以上);
6) 差异lncRNA靶基因预测(采用同源比对及RNAplex能量计算确定靶基因);
7) 差异lncRNA靶基因的GO analysis;
8) 差异lncRNA靶基因的pathway analysis。


3. 定制化信息分析

1) 差异lncRNA与mRNA共表达分析;
2) 结合客户的需求,协商定制其它定制化信息分析内容。



(编辑:sgfmt)
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