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甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)服务

更新时间:2014-07-07 15:00:59点击次数:2910次字号:T|T

一、 甲基化DNA免疫共沉淀测序概述

甲基化DNA 免疫共沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing, MeDIP-Seq)先用5'-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断,然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组,所需测序数据量较少,但不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。



二、 甲基化DNA免疫共沉淀测序技术优势

性价比高:只对被富集基因组片段测序,测序数据量降低,数据利用率高;适用于多样品的全基因组DNA表观遗传研究;

检测范围广:在整个基因组范围检测甲基化区域。


三、 甲基化DNA免疫共沉淀测序研究内容

全基因组不同水平甲基化区域的分布:分析MeDIP-Seq 读序在全基因组、不同功能元件区域(CpG 岛、重复序列、启动子、非翻译区、外显子、内含子和基因间等)的分布情况。识别序列富集峰(peak)。结果可显示不同样本间DNA甲基化修饰模式的差异。

基于富集峰的基因功能及其调控机制的预测:对于单个样本,分析与peak相关的基因;对于多样本,进行基于peak 的全基因组甲基化差异分析。通过分析差异甲基化区段(DMR),对差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析;也可结合表达谱数据,预测受甲基化调控的基因。

研究流程示例



四、 甲基化DNA免疫共沉淀测序实验技术路线


MeDIP-Seq实验流程



五、 样品要求(基因组DNA)
样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净。
样品浓度:最低浓度不低于50ng/ul。
样品总量:每个样品总量不少于10ug。
样品溶剂:溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
样品运输:DNA低温运输(-20℃);且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。



六、 甲基化DNA免疫共沉淀测序数据分析流程



七、 MeDIP-Seq数据分析内容展示


1. 数据量和数据质量

质量盒图统计 (盒图即是质量分位图,长方形最下面的边为所有质量值中占25%的质量数值,依此往上分别为占50%,占75%对应的质量值,上下的黑线代表占10%和90%对应的质量值),蓝色的线表示质量数值的平均值、绿色背景部分代表高质量数值部分、橘色背景部分代表合理质量数值部分、红色背景部分代表低质量数值部分,横坐标为测序Reads 1~100的位置,纵坐标为所有Reads在1~100位置的质量(Q:0~40)分布。

质量盒图统计



2. Peak长度和染色体分布

Peak长度分布 


 

染色体分布



3. 基因和CpG岛关联


 

(编辑:sgwwj)
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