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ChIP-on-Chip服务

更新时间:2014-07-07 15:28:13点击次数:2281次字号:T|T

染色质免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation assay, ChIP)是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下把细胞内的蛋白质和DNA交联,超声波将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后用所研究的目的蛋白质特异性抗体免疫沉淀蛋白质-DNA复合体,从而特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。ChIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。ChIP与基因芯片相结合建立的ChIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选。


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芯片名称

芯片介绍

ChIP-on-chip芯片服务

Agilent SurePrint G3 Human Promoter 1x1M Array

这款芯片选取了RefSeq数据库中约21,000条有较好注释的转录本,序列来自于UCSC hg19NCBI Build 36)。共有966,092条探针,探针的平均间距为178
bp

Affymetrix Human Promoter 1.0R Array

这款芯片有4.6M条探针,覆盖25,500个人类启动子(转录起始位点上游7.5Kb,下游2.45Kb;对于一些癌症相关基因,则覆盖转录起始位点上游10Kb
)。芯片设计的序列信息来自NCBI。探针长度为25个碱基,每条探针之间的间隔为10bp

小鼠ChIP-on-chip芯片服务

Agilent SurePrint G3 Mouse Promoter 1x1M Array

这款芯片选取了RefSeq数据库中约19,000条有较好注释的转录本,序列来自于UCSC mm9NCBI Build 37)。探针的平均间距为200bp

Affymetrix Mouse Promoter 1.0R Array

这款芯片有4.6M条探针,覆盖28,000个小鼠启动子(转录起始位点上游6Kb,下游2.5Kb)。探针长度为25个碱基,每条探针之间的间隔为10bp



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