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lncRNA芯片分析

更新时间:2010-06-16 16:27:00点击次数:2253次字号:T|T

1. 归一化 

 lncRNA芯片采用的归一化的方法为quantile normalization。 


2. 差异LncRNA的筛选 

lncRNA芯片中既有lncRNA的探针又有mRNA的探针,分别做差异基因的筛选,筛选方法同表达谱的筛选方法是一致的,参见表达谱的差异基因筛选。 


3. 差异lncRNA的重注释 

lncRNA芯片注释不完善,因此需要将筛选出来的lncRNA进行重注释。将差异lncRNA在基因组上位置上下游延伸,以寻找lncRNA附近的有功能的基因。

差异lncRNA重注释示例 


4. 差异lncRNA靶基因的预测 

lncRNA可能通过调控相应的mRNA发挥功能,因此有必要预测lncRNA的靶基因。我们提取差异lncRNA和mRNA的序列,首先用blast进行初筛,之后用RNAplex进行进一步筛选,以预测lncRNA可能调控的mRNA。

差异lncRNA靶基因预测结果示例 

5. 差异lncRNA与靶基因共表达网络 

预测出lncRNA的靶基因后,并可进一步在mRNA的数据中探寻该mRNA是否发生表达量的变化。由此构建差异lncRNA与靶基因相互作用网络图。

差异lncRNA与靶基因相互作用网络图。方框代表lncRNA,圆形代表mRNA。连线表示可能的调控关系。节点面积越大,表示调控的mRNA越多,预示该lncRNA在调控网络中所起的作用可能越大。 

6. 差异lncRNA与差异mRNA的共表达分析 

SBC Human lncRNA芯片能同时检测出差异表达的lncRNA和mRNA。我们将差异lncRNA和差异mRNA在一组样品中进行共表达分析,可以发现与某个lncRNA具有相同表达模式的mRNA。 

要求:每组数据3个或3个以上生物学重复 



lncRNA与mRNA共表达分析作用图,圆形带圈代表lncRNA,圆形代表mRNA。红色为上调基因,绿色为下调基因。



7. 差异lncRNA靶基因的GO analysis 

对lncRNA的靶基因进行GO Ontology的生物学的分类,根据Fisher's Exact Test,得到p-value,得到lncRNA靶基因对应的显著性功能,从而了解lncRNA的功能。 


8. 差异lncRNA靶基因的pathway analysis 

对lncRNA靶基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG和Biocarta来进行分类,对Pathway中的基因进行基于离散分布的显著性分析,得到与实验目的有显著联系的Pathway 分类,由这些pathway对应相应的靶基因,从而获得该分类即导致lncRNA差异的最重要Pathway。 


9. 差异lncRNA的转录因子的预测 

提取lncRNA TSS的上游2000bp,下游500bp,利用HMM的算法根据TRANSFAC8.1数据库预测其转录因子。 

 
(编辑:sgclp)
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