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DNA甲基化芯片分析

更新时间:2010-06-16 09:03:00点击次数:2587次字号:T|T
1. 差异甲基化的筛选
Illumina 450K甲基化芯片
根据不同的情况选择不同的model进行计算:
Illumina Custom Model ,不受样本个数的限制;
Mann-Whitney Model,用于min(Nref,Ncond)<3,或者max(Nref,Ncond)<22;
Equal Variance T-Test Model,用于实验或对照组中至少有两个样本。


2. 非监督聚类

为了展示甲基化水平在样本中高低甲基化的分布,用甲基化水平的 值来做聚类图的展示。

列表示样本,行表示CpG位点,颜色代表甲基化水平 从0到1的变化(红色为低甲基化,蓝色为高甲基化)


3. 差异甲基化基因的功能分析

GO-Analysis对差异甲基化基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、误判率分析、富集度分析,得出与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类,该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。通过该分析有可能找到导致甲基化水平变化的重要功能,并且找到该功能所对应的基因。


4. 差异甲基化基因的pathway分析

信号通路(Pathway)是多个蛋白质间相互作用,共同调节细胞功能和代谢活动的过程。而信号通路分析是通过对差异基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG和Biocarta来进行分类,对Pathway中的基因进行基于离散分布的显著性分析,得到与实验目的有显著联系的Pathway 分类,该分类即导致样本性状差异的最重要Pathway。


5. 转录因子预测分析

通过对差异甲基化区域转录因子的预测,得到调控甲基化的转录因子。


6. 甲基化的染色体分布图


甲基化在各个染色体的分布情况


7. 甲基化芯片与表达谱芯片联合分析

甲基化芯片除了常规的散点、差异性分析、聚类、GO和Pathway等都可以做之外,在联合分析上可以画cross_plot来展示与mRNA层面的相关性,找到与甲基化负相关的mRNA。

图中横轴是甲基化,纵轴是表达谱,分别用delta-beta(diffscore)和foldchange来体现上下调,所以左上或者右下象限的是理论上的负相关的点。



(编辑:sgclp)
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