2. 非监督聚类
为了展示甲基化水平在样本中高低甲基化的分布,用甲基化水平的 值来做聚类图的展示。
列表示样本,行表示CpG位点,颜色代表甲基化水平 从0到1的变化(红色为低甲基化,蓝色为高甲基化)
GO-Analysis对差异甲基化基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、误判率分析、富集度分析,得出与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类,该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。通过该分析有可能找到导致甲基化水平变化的重要功能,并且找到该功能所对应的基因。
信号通路(Pathway)是多个蛋白质间相互作用,共同调节细胞功能和代谢活动的过程。而信号通路分析是通过对差异基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG和Biocarta来进行分类,对Pathway中的基因进行基于离散分布的显著性分析,得到与实验目的有显著联系的Pathway 分类,该分类即导致样本性状差异的最重要Pathway。
通过对差异甲基化区域转录因子的预测,得到调控甲基化的转录因子。
甲基化在各个染色体的分布情况
甲基化芯片除了常规的散点、差异性分析、聚类、GO和Pathway等都可以做之外,在联合分析上可以画cross_plot来展示与mRNA层面的相关性,找到与甲基化负相关的mRNA。
图中横轴是甲基化,纵轴是表达谱,分别用delta-beta(diffscore)和foldchange来体现上下调,所以左上或者右下象限的是理论上的负相关的点。