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全基因组甲基化测序分析

更新时间:2013-07-16 12:34:00点击次数:2976次字号:T|T
亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,PCR扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对PCR产物进行测序,与特殊转化后的基因组比对,判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化。此方法可以精确到每一个CpG/CHG/CHH位点的甲基化状态。


一、数据分析流程

二、数据分析内容  

对亚硫酸氢盐甲基化测序数据进行分析,包括数据预处理、转化效率和测序准确性评估、基因组比对、比对结果相关统计、对于CpG岛区域,启动子区域及整个基因组的覆盖和深度、CpG/CHG/CHH位点甲基化比例计算、 单样本高低甲基化位点在基因组不同功能区域和CpG岛区域的分布、多样本差异甲基化CpG/CHG/CHH位点和差异甲基化区段(DMR)筛选、差异甲基化位点和区段在CpG岛和CpG岛岸的分布统计、差异甲基化位点和区段在启动子和不同基因功能区的统计、相关注释和富集分析(基因、CpG岛、GO和KEGG等)。 


1. 测序数据质量控制 
包括:总reads数、总base数,Q20比例、Q20位点分布图、碱基分布图。 
2. 测序数据预处理 
包括:去除总体质量偏低的reads,将质量大于20碱基所占比例小于50%的reads去除;去除3’端质量Q低于20的碱基;去除reads中所含有的接头序列;去除长度小于20的测序片段(reads)。 
3. 转化效率评估 
使用lamda噬菌体基因组作为内参,评价BS转化效率。

4. 全基因组比对和mapping率统计

5. CpG岛区域、启动子区域及整个基因组的覆盖及不同深度关系 

6. CpG/CHG/CHH位点覆盖率、测序深度、甲基化比例和染色体分布 
1) CpG/CHG/CHH位点测序深度 
2) CpG/CHG/CHH位点甲基化比例
 
3) CpG/CHG/CHH位点染色体分布
4) 高甲基化位点(甲基化比例>70%)和低甲基化位点(甲基化比例<30%)的基因功能区分布。 
5) 甲基化程度(%)对于基因的不同功能区域的分布。
 
7. 差异甲基化位点和区段筛选 
使用fisher检验筛选差异甲基化CpG/CHG/CHH位点和甲基化区段。 

8. 差异甲基化位点或区段的CpG岛注释和基因注释 
1) 差异甲基化位点或区段CpG岛分布
 
2) 差异甲基化位点或区段不同基因功能元件分布
3) 差异甲基化位点或区段染色体分布
 
9. 全基因组甲基化图谱 

全基因组甲基化图谱:
 
10. 客户定制分析 

可根据客户的研究需求,协商定制个性化分析内容。
(编辑:sgclp)
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