加入收藏| 登录   注册
021-5132 0133
网站公告:

 

甲基化DNA免疫共沉淀测序分析 >> 返回 您当前所在位置:首页 > 科研服务 > 生物信息学服务 > 甲基化DNA免疫共沉淀测序分析 > 正文

甲基化DNA免疫共沉淀测序分析

更新时间:2013-07-16 13:19:00点击次数:1907次字号:T|T
MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing )采用甲基化DNA免疫共沉淀技术,通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段并进行高通量测序。研究者通过MeDIP Sequencing可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同样本间DNA甲基化修饰模式的差异。此方法可以覆盖整个基因组范围的甲基化区域并且成本较低,特别适用于多样品的全基因组DNA表观遗传研究。
一、数据分析流程 

二、数据分析内容 

对MeDIP-seq测序数据进行分析,包括数据预处理、基因组比对、比对结果相关统计、对于CpG岛区域、启动子区域及整个基因组的覆盖和深度、甲基化富集peak 查找、单样本peak区域在基因组不同功能区域和CpG岛区域的分布统计、多样本差异甲基化区段(DMR)筛选、差异甲基化区段在CpG岛和CpG岛岸的分布统计、差异甲基化区段在启动子和不同基因功能区的分布统计、相关注释和富集分析(基因、CpG岛、GO和KEGG等)。 


1. 测序数据质量控制 
包括:总reads数、总base数,Q20比例、Q20位点分布图。 

2. 测序数据预处理 
包括:去除总体质量偏低的reads,将质量大于20碱基所占比例小于50%的reads去除;去除3’端质量Q低于20的碱基;去除reads中所含有的接头序列;去除长度小于20的测序片段(reads)。 

3. 将预处理后的reads比对到参考基因组并统计富集效率 
包括:Reads唯一比对率,在CpG岛区域、启动子区域及整个基因组的覆盖及不同深度关系。 
 

4. Peak查找和统计 
应用MACS软件对基因组mapping得到的bam文件进行peak 富集区查找,并统计长度和染色体分布。 

5. Peak在CpG岛、不同基因功能元件和不同GC含量区域中的分布 
Peak CpG岛分布:
Peak不同基因功能元件上的分布:


6. 基于peak的样本间差异分析 
将各样本有重叠的peak合并,统计每个样本在合并后的peak中是否富集,统计组间差异的个数并基于RPKM (Reads Per Kilobase per Million mapped reads)计算peak在组间差异是否显著。 

7. 样本间差异peak区域测序深度作图
 

8. 对差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析 

GO功能分析:
KEGG功能分析:

9. MeDIP-seq数据和表达谱数据结合分析 
将MeDIP-seq数据和表达谱数据结合分析,对富集peak区域和差异表达基因进行关联。 


10. 全基因组甲基化图谱 
全基因组水平的甲基化水平分布:
 
11. 客户定制分析 
可根据客户的研究需求,协商定制个性化分析内容。
(编辑:sgclp)
  • 上一篇:已经没有了
  • 下一篇:已经没有了

地址:上海市浦东新区张江高科技园区郭守敬路351号1号楼4楼

电话:+86-21-51320133

            +86-21-58816760

            +86-21-58820889
传真:+86-21-51320131


点击这里给我发消息点击这里给我发消息点击这里给我发消息点击这里给我发消息