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染色质免疫共沉淀测序分析

更新时间:2013-07-16 13:33:00点击次数:2282次字号:T|T
该方法通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,进行纯化和文库构建,并与第二代测序技术相结合。通过将获得的序列标签准确定位到基因组上,从而得到基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。
一、数据分析流程 
 

二、数据分析内容 

对ChIP-seq测序数据进行分析,包括数据预处理、基因组比对、比对结果相关统计、对于基因组的覆盖和深度、富集peak检测、富集peak在启动子和不同基因功能区的分布统计、富集peak区段Fasta序列提取、motif查找、相关注释和富集分析(基因、CpG岛、GO和KEGG等)。 


1. 测序数据质量控制 
包括:总reads数、总base数,Q20比例、Q20位点分布图。 
2. 测序数据预处理 
包括:去除总体质量偏低的reads;去除3’端质量Q值低于20的碱基;去除reads中所含有的接头序列;去除长度小于20的测序片段(reads)。 
3. 全基因组mapping率 
4. Peak查找 
应用MACS软件对基因组mapping得到的bam文件进行peak 富集区查找。 
5. Peak长度和染色体分布 
Peak长度分布:
 

 
6. 对Peak进行基因和GO功能注释 
7. 提取peaks区域的fasta序列并寻找结合motif 
motif功能区示意图: 
 
8. 客户定制分析 
可根据客户的研究需求,协商定制个性化分析内容。
(编辑:sgclp)
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